Всех запросы к приложению должны поступать на файл public/index.php. Это упростит их обработку. Сделать это можно настроив соответствующим образом Web-сервер, но это не тема нашего обсуждения. Я лишь приведу пример содержимого индексного файла:
<?php
chdir(dirname(__DIR__)); // Определяем корневой каталог приложения.
include('app/App.php'); // Подключаем класс инициализации приложения
(new App)->run(); // и запускаем егоОписывать здесь нечего, в файле только подключается и вызывается класс инициализации приложения, не более того.