Jesk, ключи массива строчного типа нужно писать в одиночных кавычках:
$row[name]
$row['name']
И ещё один момент - вместо mysql_fetch_array() используй mysql_fetch_assoc(), т.к. в коде не используется массив "список" (одномерный массив с числовыми ключами). Ну и переменные именуй соответственно значениям, которые в них хранятся.
* (+/-)
<?php
$sql = "
SELECT * FROM `downfiles`
WHERE `type`='file'
ORDER BY `id` DESC LIMIT 5
";
$i = 0;
$res = mysql_query($sql);
while ($row = mysql_fetch_assoc($res)) {
echo '<div class="list'. ($i & 1 ? 1 : 2) .'">'.
'<a href="download/file.php?act=file&view='. $row['id'] .
'">'. str_replace('_', ' ', $row['name']) .'</a></div>';
$i++;
}