Ну jQuery и JS немного разные сущности. Если jQuery, то изучи хорошо выборку элементов, анимирование, управление событиями(bind, live(особенно это часто используется), die и пр.), функцию data() изучи, функции для управления элементами DOM. Если нужны примеры, то можешь по моей теме пошастать, там много интересного написано: jQuery--большой функционал за короткое в...
Если сам JS, то тебе понадобится синтаксис языка(переменные, массивы, циклы, пользовательские функции и пр.), затем изучай средства работы с DOM, затем управление событиями, ну и на последок работу JS в "спарке" с Java апплетами.