galtsev.t,
Как я понимаю это пакеты composer.
Как они попадают в другую папку, не как остальные пакеты?
Что будет если я изменю файлы модуля, затем попытаюсь обновить пакеты через composer?
Как включать модули?
Да, это пакеты композера. В папку с модулями попадают если в composer.json указан тип "type": "johncms-module",
Файлы модуля перезатрутся если будешь изменять их и потом обновлять через композер. Если нужно кастомизировать модуль, лучше создать свой, который будет зависеть от другого модуля или просто скопировать и сделать отдельным пакетом (но первый вариант будет более правильным).
Модули устанавливаются и удаляются через админку или штатными средствами composer (composer require module/name).
