Исправляем overlay Icons
Для этого нам придется немного поковырять Windows Registry. Чтоб сильно не париться, поступите так:
1) Откройте проводник файлов.
2) На любой папке щелкните правой клавишей мыши, в контекстном меню выбираем пункт TortoiseGit -> Settings
3) Откроется большое меню настроек, но мы там НИЧЕГО НЕ ТРОГАЕМ! В дереве настроек выбираем Icon Overlays -> Overlay Handlers
4) На страничке Overlay Handlers увидите кнопку "Start registry Editor", жмите ее, откроется редактор реестра и сразу в нужном месте (пункт ShellIconOverlayIdentifiers).
5) Чтоб ничего не напортачили и была возможность откатиться назад, в редакторе реестра щелкаем правой клавишей на нашей папке реестра ShellIconOverlayIdentifiers и выбираем пункт Export. Экспортируем настройки в файл. Потом, если захотите все вернуть назад, просто два раза кликните по файлу и все ключи запишутся обратно в реестр.
А вот далее, придется чем-то пожертвовать.
В качестве оверлеев обычно зарегистрированы различные облачные сервисы (DropBox, Google Drive, Yandex диск, SkyDrive и прочая муть).
Нам придется удалить из папки реестра ShellIconOverlayIdentifiers ВСЕ ключи, кроме *Tortoise***
На работе облачных сервисов это никак не скажется, просто в проводнике для них не будут отображаться оверлеи. Хотя полюбому, из-за ограничений, если у вас стоит несколько облак, какие-то из них и так отображались без оверлеев.
Для разработчиков (коими мы и являемся) смело можно пожертвовать облачными оверлеями в пользу TortoiseGit, оно того стоит.
Единственная проблема у Вас может возникнуть с выпилом ключей от SkyDrive, он зараза садится под системным экаунтом и просто так удалиться не даст.
Но мы не дураки, и знаем как это сделать
(далее описываю для Windows 10, которая под рукой и в которой возникает проблема с выпиливанием skyDrive)
1) Правой клавишей щелкаем на ключе SkyDrive который хотим удалить
2) В менюхе выбираем пункт Permissions и в нем жмем кнопарь "Advanced"
3) Вверху открывшегося окна видим строку Owner: (там будет или SYSTEM, или TrustedInstaller) и ссылка "change" которую и жмем.
4) В открывшемся окне жмем расширенный поиск, находим группу Administrators и добавляем ее как владелька.
5) Возвращаемся в список разрешений, находим группу Administrators, что мы добавили выше, редактируем и ставим все права.
6) Закрываем окно Permissions и далее, ключ уже можно будет удалить.
Эту процедуру придется проделать для каждого ключа SkyDrive, пока не удалите все.
Далее, закрываем реестр, перезагружаем Windows и система готова к работе.
===
UPD:
В последнем большом обновлении Windows 10, что пришло в этом году, видать исправили Overlay Handler, по крайней мере у меня лично совместно работают TortoiseGit и Dropbox, причем оверлейные иконки видны в обоих программах.
Если у Вас последняя версия (обновленная) Windows 10 и оверлеи видны, то инструкции из этого поста можете не выполнять.