Sitego, что для тебя "нормальный вид на php" не знаю. Вот что можно сделать:
$time = strtotime('20160413062500 +0300'); // на выходе получаем 1460517900
$time = date('d.m.Y H:i:s', $time);
echo $time; // 13.04.2016 05:25:00Как там именно часовой пояс влияет я не знаю. Выходит что если +0300 то это -1 час. Может от часового пояса сервера зависит.