Sitego, как ты инклюд прописывал? заюзай dirname(__FILE__) , так ты путь узнаешь , ну а там физический путь до субдомена пропиши, апач может вообще с конфига брать рут папки, то есть она не обязательно может быть в www
$_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] покажет путь текущий , предположим /srv/www/dom1
инклюд будет
include('/srv/www/dom2/file.php');