И все таки главный вопрос - это в удобстве разработки.
Я пробовал PHAR довольно основательно.
Если ты пишешь всего 1 модуль, да тут удобно, запаковал, зарелизил и ура.
А когда это двиг, в котором могут быть десятки модулей. каждый при малейшем изменении нужно перезапаковывать, это реальный геморой. Удобно когда тот код, с которым ты непосредственно работаешь. совпадает с дистрибутивом.
Хотя, удобство обновления модулей в PHAR, их целостность и компактность - это серьезный аргумент ЗА.