$sql = mysql_query("select * from `users`");
while ($res=mysql_fetch_assoc($sql))
{
$new_pass = md5($res['password']);
mysql_query("update `users` set `password` = '". $new_pass ."' where `login`='". $res['login'] ."'");
}вроде так. советую затестить на локалке сначала))