Koenig, везде в принципе подход одинаковый, я сейчас сам мельком полистал сырцы. Файлов говоришь куча, билдер что-ли не смог найти?
core\classes\database\query
В принципе для библиотеки это нормально, когда куча файлов.
Было бы не плохо если бы ты довел класс до конца включая форматирование как рекомендуется в PSR.
Заюзал неймспейсы, что бы можно было автозагрузчиком подхватить не вмешиваясь ни в код класса, ни в код автозагрузчика (Подразумевается, если автозагрузчик ориентирован на неймспейсы конечно же.)
Исключения, чтобы можно было перехватывать ошибки ну и т.д.