ramzes, ну если продолжить аналогию с телефоном, то в моем понимании приложение это ОСь телефона, а модули это приложения установленные на эту ОСь. ОСь без приложений ничего не умеет, а приложения расширяют ее функциональность.
Так же и здесь, есть некая базовая логика, которая декларирует алгоритм обработки запроса юзера на пример так:
1. Роутинг запроса по его URL
2. Выбор подходящего контроллера
3. Вызов контроллера
4. Рендеринг ответа
5. Возврат ответа
Без модулей этот алгоритм бесполезен, ведь именно модули позволят обработать запрос (через свои контроллеры).
В общем закончу движок, сразу поймешь о чем я (в нем нет ни капли фреймворков ;) )