По теме пользуюсь Zend (сейчас 3 версии, но есть проекты на 1 и 2) с активным переходом на микрофреймворки (коим стал сам Zend) и допилом своих пакетов по мере. Zend потому что нравится их приверженность качеству кода (хоть и встречались убогие решения, а принимать pull они не спешат) и гибкости. В качестве фронта предпочитаю RequireJS + BackboneJS для сайтов с рендерингом на сервере и AngularJS для WebApp. За верстку отвечает другой человек, потому все что с ней связано - его предпочтения - но лично мне нравится Sass+Compass.