ramzes, 1. Желательно все стили в одном файле держать. А не разбивать их на отдельные.
Это даже не мой совет, на хабре об этом писали.
2. Пользователь заходит первый раз на сайт, css в кеше браузера нету, делаем window.onload и выводим заглушку ввиде слоя поверх всего контента с текстом типа "Приветствуем Вас на сайте, подождите пару секунд идёт загрузка страницы"
Содержимое сайта прогрузится вместе со всеми css и пользователь не увидит артефактов, после слой приветствия скрывай.
Чтобы не было повторного показа приветствия можешь его в сессию забить, в js сессию.
Так у пользователя будет уже в кеше стиль ко всему сайту *объединенный для всех модулей и при прогрузке в ajax стилей каждого модуля, уже не будет артефактов. Так как браузер сам первым делом css выведет.
PS. Так сделал я.