А вообще, MyISAM vs InnoDB применение зависит от его контекста.
В новых версиях скоростью можно пренебречь (почти одинакова), более того, исследования Вадима Ткаченко (разработчик Percona DB) показывают, что в большинстве случаев InnoDB где то на 30% быстрее, чем MyISAM https://www.percona.com/blog/2 ... rt-1/
Однако это тестировалось именно на Percona (аналог MySQL), а про собственно MySQL я читал другие выводы. У Перконы есть серьезные оптимизации, касаемо InnoDB и если сервер высоконагружен и в основном юзается этот метод хранения, то стоит серьезно задуматься о применении вместо MySQL - Percona DB
Посему, разумнее не спорить что быстрее, а юзать нужные навороты.
К примеру, нужен полнотекстовый поиск, то MyISAM, ибо InnoDB его не имеет.
Ну и т.д.