SWAT, даже не стал читать весь вопрос. Если ставишь мод (любой) - смотри весь код в каждом файле
и весь код мода переноси в свои файлы. Тупой заливкой/заменой файлов повышенная вероятность убить работоспособность. Если делаешь с тела - исключений нет, тогда или не делай с тела, или делай как описано выше.