Дело в том, КАК ты вычисляешь релевантность?
То есть, какой запрос даешь?
И как у тебя по этим поисковым запросам оптимизированы страницы основного джомена и поддоменов.
---
К примеру, если на поддомене слово стоит чаще, имеется в ссылках и заголовках, то он (для этого слова) будет стоять выше основного домена.