Якорь-неякорь. гг.
Короче берёшь одну шапку общую для всех и проверяешь нет ли шапки в папке с темой. Если есть шапка в папке с темой, то подключаешь её, если нету, то подключаешь стандарт, а цсс берёшь из папки с темкой.
Будет попроще для вап темок, да и для вэб если их несколько сделать.