Вы вот действительно только тут свои домыслы да предположения пишите. Давно бы рассказали каждый немного о своем сайте (в том числе и какие счетчики стоят и т.д. и т.п.) Надо искать что то общее. Пока, если правильно понял, то возможные варианты это дыра в исп менеджере или вирус который ворует пароли/куки. Больше возможных вариантов не вижу.