Мысли в слух:выводя таким способом папки на главную вы увеличиваете нагрузку на мускул что в итоге приводит к более долгой загрузки главной страницы.Конечно удобно что бы всё проходило автоматом но всё же лучше выводить по ссылке такого рода
echo '<div class="menu"><a href="адрес папки">Имя папки</a>(количество файлов) </div>';