istanbluebay, сделать не сложно
принцип такой
нужно в настройки юзера добавить поле, оно все равно записывается массивом сериали3ованным, то есть можно добавлять нужные поля настроек без редактирования базы данных
потом в вывод нового письма добавить условие , которое проверит включено ли уведомление об новой почте
if ($new_mail && ТУТ ЭТО УСЛОВИЕ) $list[] = '<a href="' . $home . '/mail/index.php?act=new">' . $lng['mail'] . '</a> (+' . $new_mail . ')';
УСЛОВИЕ
если добавить поле как я говорил, то оно будет в массиве настроек юзера.
так как не с компа, сделать не смогу. описал как можно подробнее. знающий сделает за 5 минут