Koenig
плохая практика удалять инсталпочему тогда все скрипты требуют его удаления(и JohnCMS кстати тоже)
удалить файл для переустановки может тот, кто знает нужные пароли к хостув таком случае тот, кто знает нужные пароли, может и public_html опустошить.
А в случае необходимости переустановки скрипта, можно же повторно распаковать его из архива, и запустить инсталл. К примеру я не хочу видеть лишние файлы в папке со скриптом после его установки, а кому-то нет разницы. Моё мнение такое - это дело вкуса, и оба варианта (удаление || инсталл.стоп) можно использовать в зависимости от предпочтений.