Я всегда начинаю с того чего и скрипт, например делал модуль вопросы/ответы сразу писал индекс, тем же временем обдумывал структуру базы, после того как что то написал, ну типа уже не сижу за компом, обдумываю подальшие действия и если надо то записываю, ну там в основном таблицы и некоторые решения в голову лезут...