Koenig,
не знаю почему но при записи в файлы по каким то причинам попадают пустые строки
Могу предположить, что пустые строки создаются функцией explode(). Твой код я не видел, но в своём после эксплода делаю проверку строк на пустоту, и только потом записываю в переменную значения массива.