Ну, начнем с ФТП.
Подключиться как root ты сможешь только через SFTP. А если через контроль панель создашь виртуальный экаунт и на нем виртуальный хост, тогда уже сможешь подключаться через обычный FTP, конечно при условии, что контроль панель использует какой-либо ФТП сервер (обычно так и есть).