NOD, слабенькое описание происходящего.
Есть предположение, что папки создавались от имени пользователя, под которым работал на тот момент апач.
Выход - Удалить папки с помощью скрипта или с помощью root пользователя.
Идеальный вариант, настроить нормально апач и сменить владельца всем существующим папкам.