Я работаю с клинером. Чистит не всё, иногда в реестре лишнее цепляет, так что приходится смотреть, а не бездумно жать кнопку.
По поводу установки программ, нет ничего легче чем создать две учетные записи: админ (с паролем) юзер (без паролю)
При установке программ через Юзер, будет проситься пароль админа, при удалении тоже. Ну и про других операциях