Sitego, Добавить памяти, поиграться с настройками буфера https://dev.mysql.com/doc/refm ... .html
Единственное, что я могу подсказать наверняка -- это лучше обратиться на специализированный форум. На ЛОР например
Только не забудь предоставить полный лог, конфигурацию и насколько высоки нагрузки. Потому что например, если у тебя очень высокая посещаемость, но ты решишь уменьшить размер буфера и максимальное кол-во соединений, то скорее всего это не решит проблему до конца. А если нагрузки не так велики, то возможно достаточно будет только уменьшить размер буфера. Короче х.з. нужно больше информации и чувак, который шарит получше меня.