Хм, а вот и первая проблема. Почему-то не работают ссылки на Суське. То есть, например главная phpMyAdmin открывается, но если нажать Войти, то выскакивает ошибка
Object not found!
The requested URL was not found on this server. The link on the referring page seems to be wrong or outdated. Please inform the author of that page about the error.
Что-то я всё перекопал и не понял в чём проблема, в настройке серверов я не силён.
В логах только одна ошибка
File does not exist: /home/romka/.projects/sites/john.loc/phpMyAdmin, referer: http://localhost/phpMyAdmin/
Ощущение, что апач пытается искать линк в созданном виртуальном хосте, а не на локалхосте в пэхэпэадмине - где им положено быть. Куда копать?