mRWiNeT, Ну попробуй, мож и получиться. Извлекай манифест правь и лепи назад. Желательно извлекать и пихать назад не распаковывая архив. Это умеет вроде тотал командер. Я для таких целей использую ZArchiver pro.
APK хоть и есть по сути zip архив, но если распакуешь и запакуешь весь назад как правило получишь не рабочий файл. Ну и если в самой программе нет проверки целостности арк файла.