Если есть рут не значит что по воздуху нельзя обновится, можно ибо сам рут это есть просто один файлих su который с помощу эксплойта ядра кидается в /system/xbin/ и ставятся права на него для повышения привилегий, он не заменяет не каких системных файлов, а значит не как не мешает обновлению по воздуху.
Итог: надо не изменять существующие системные файлы если хотите обновлятся в будущем по воздуху