К сожалению, все IDE, которые осуществляют расширенную проверку на валидность кода (Zend Studio, NetBeans, phpStorm) ругаются если переменная инициализирована в другом файле.
Тут уж ничего не поделаешь, или отключай эту функцию, или игнорируй предупреждения.
Даже на сайте Zend на форуме шел холивар по этому поводу.
В итоге сказали, что инициализировать глобально применяемые переменные в других файлах нехорошо, это плохой стиль. Торгда нужно или в подключенном файле в начале писать global $var1, $var2; где перечислишь все применяемые переменные, или проверять isset() или прятать их в классы и функции.
Для старого стиля программирования, эти предупреждения можно игнорировать, это не уязвимость.
В новом двиге, что щас пишется, все переменные спрятаны в классы и подобных предупреждений не будет.