В isp-менеджере нужно настройки бэкапа сделать. Там вводишь данные от фтп сервера где хранить бэкап собираешься, ну все так же как ты через фтп заходишь в свой сайт, сервер, логин, пароль и т.д. Потом настраиваешь сам бэкап, что бэкапим и в какой период. Можно частями сайт бэкапить, а можно весь. Например если есть стабильные разделы на сайте, которые не меняются совсем, зачем их каждый раз бэкапить? Для таких разделов хватит и одного бэкапа.