Некоторые скрипты выделывались и отказывались загружать файлы при 755 или 700 не помню точно. Но это давно было, ещё до переезда и я особо не углублялся в проблему из-за чего это происходило, но однозначно причина была в скриптах. А привычка осталась, естественно это надо искоренять. Вобщем сайт работает, а мне большего и не надо. Как начнётся заново постараюсь сразу написать.