Переименуй с .АПК на .ЗИП и все. Только оставь нераспакованный архив - когда заменишь нужные файлы, выкинешь их в этот архив с заменой. Потом переименуй его снова в .АПК и все. В противном случае - если сам запаковать файлы будешь - подпись приложения "потеряется".