В общем догнал как защищать Firefox. Для того чтобы мастер-пароль вступил в силу, нужно обязательно перезапустить браузер, после введения этого пароля. Тогда программа считывает из браузера только адреса сайтов, логины и пароли к этим сайтам скрыты, просто пустые поля.
Правда мастер-пароль придётся вводить при каждом запуске браузера, если потребуется выполнить куда-то вход, то есть на каждую новую сессию.