угу.. косяки начинаются когда делаешь сканинг или апдейт базы данных на наличие ошибок. в загрузках прописаны разные пути к файлам и только один из доменов коректно работает из-за этого..
кроме того в таблице `cms_settings` нужно указать главный домен 'homeurl', а он всегда один должен быть.
если бы это можно было вынести в конфиг в файле как то.