Просмотр поста

1. Соединяешься с первой базой (коли не мегачайнег в пхп,то знаешь как) . Делаешь нужные запросы к базе. Закрываешь соединение (не обязательно ) .
Снова создаешь соединение со второй базой,и делаешь нужные запросы . И т.д.

2-ое решение
бывают случаи когда нужны два соединения (и чтоб не образовать старт-стопы) . В таком случае во второй параметр функции mysql_query впиши соединение ( ..переменную)
По сути две базы на один сайт это ебланство. Реорганизуй структуру сайта,перенеси все на одну.