Скорее всего, ломали сам хостинг, точнее дистрибутив Линукса, который там стоит.
З.Ы.
А насчет безопасности двига, сегодня, если успею, выложу Вам один ништяк.
Это Антишпионско-антихакерский модуль ![]()
Я его написал для нового проекта, но потом подумал, что и в JohnCMS неплохо было бы встроить.