Вообще, я заметил странную тенденцию в виде того, что многие серверы с неохотой воспринимают параметры РНР задаваемые из .htaccess Простой пример - Zend Server, на котором я сейчас локально разрабатываю новые версии двига.
Посему, начиная с JohnCMS 5.0.0 я вообще убрал из .htaccess все настройки, касающиеся РНР, перенес их в core.php
Работает так же, но при этом не вызывает конфликтов с некоторыми серверами.
---
В случае автора, рекомендую убрать из .htaccess все строки, где задаются параметры php_flag и php_value
Для JohnCMS 4.4.0 это будет:
php_flag display_errors 0
php_value error_reporting 7
php_value register_globals 0
php_flag session.use_trans_sid off
php_value magic_quotes_gpc 0
php_value magic_quotes_runtime 0
php_value magic_quotes_sybase 0
php_value allow_url_fopen 0
php_value arg_separator.output "&"