Бермудский, Не надо его очищать, а то вообще потом проблем не оберешься, вот то что ты выше процитировал, там уже есть секция [mysqld] вот в неё и вставь sql_mode=....
[mysqld]
user=mysql
pid-file=/var/run/mysqld/mysqld.pid
socket=/var/run/mysqld/mysqld.sock
port=3306
basedir=/usr
datadir=/var/lib/mysql
tmpdir=/tmp
lc-messages-dir=/usr/share/mysql
log_error=/var/log/mysql/error.log