Файлы не правильно подключены при разной глубине вложенности. Если так ../ то это в первой папке, а если так ../../ то это в подпапке папки, а если так ../../../ то это уже папка третьего уровня и так далее.
А вот чтобы не было с этим проблем, в джоне можно сделать так подключение шапки и ног.
Это шапка
<?php
define('_IN_JOHNCMS', 1);
$headmod = 'template';
$textl = 'Шаблон';
$rootpath = file_exists('login.php') ? '' : (file_exists('../login.php') ? '../' : (file_exists('../../login.php') ? '../../' : print('Ошибка!')));
require_once $rootpath.'incfiles/core.php';
require_once $rootpath.'incfiles/head.php';
header('Content-type: text/html; charset=utf-8');
///////////////////////А это ноги
require_once $rootpath.'incfiles/end.php';Если подключать так, то файлы можешь двигать в разные папки вплоть до третьего уровня вложенности и они будут работать без дополнительного редактирования.