Fublin, он их видит, только не индексирует
Видать ссылки не по теме, или с подозрительных сайтов, а может те сайты вообще у него в черном списке и вместо пользы от ссылок с них, получаешь наоборот только вред. Всякое может быть. Сейчас на Яндекс есть инструмент, который позволяет откреститься от таких не качественных ссылок на твой сайт, закрываешь их от индексации, типа - "я не я, корова не моя", не знаю что там за вредоносный сайт на меня ссылается. гг
Это сделано для избежания ошибок, потому как сателлиты Яндекс банит и вместе с ними отправляет в бан сайт на который они ссылаются. Чтобы такого не было с твоим сайтом (ты же сателлитами не занимаешься), Яндекс рекомендует удалять с индексации ссылки с сторонних подозрительных ресурсов, которые ведут на твой сайт.