Я тогда пока, чтоб не терять время, займусь обратным рефакторингом неймспейса с Mobicms на Johncms и потом подумаю, как лучше слить репозитории.
Пр идее, я там начинал разработку от JohnCMS 7.1.0 и если в репозитории Джона от этой версии запилить ветку скажем "mobicms-classic", тогда можно будет все красиво слить в основной реп, перенести в ветку Моби последние правки из develop и потом как будет готово, смержить.
Я у себя локально попробую, если все пройдет нормально, потом объясню тебе, что надо сделать с твоей стороны.