Сжатые копии хранишь в том же формате что и оригинал. Лучше в отдельной папке.
Допустим есть папка с оригиналами
originals
И есть папка с сжатыми
resized
В первую папку сохраняешь оригинальную фотографию, которую выгрузил пользователь, а во вторую кладешь обработанную копию.