Ну а практика что показывает?
По факту как обстоят дела на приличных хостингах?
Из вашей теории я понял, что на современных хостах - всё как на серверах, скрипты друг-на друга из разных директорий не влияют. Заряженные файлы из одной директории не должны заразить соседние директории. Но это все в теории.
А как дело обстоит на практике?
Какие ваши наблюдения?