На хостинге заводится 1 юзер и на него вешаются все его домены. Скрипты выполняются от имени этого пользователя и соответственно каждый домен может войти в папку другого домена этого пользователя. Домены обычно ограничиваются директивой open_basedir, тогда в принципе php скрипт не должен выходить за рамки указанной директории.
Короче много нюансов. Проще взять файл менеджер какой нить php'шный и проверить. Ну или самостоятельно попробовать с одного домена прочитать содержимое какого нить файла другого домена указав полный путь к нему.