galtsev.t, этот файл появился позже чем была написана документация.
Файл создан как раз чтобы стандартный не модифицировать.
Для своих тем нужно просто копировать файл и default менять на свое название.
Например webpack.default.mix.js -> webpack.mytheme.mix.js
Далее чтобы тема собиралась с использованием этого файла, его нужно указать в команде запуска
npm --section=mytheme run watch
т.е. добавляется параметр --section=mytheme
Для удобства можно ещё прописать скрипт в файл package.json по аналогии с теми что уже есть
https://github.com/johncms/joh ... n#L25