как ни крути если выносить "подсайт" на поддомну, то они должны быть логически как-нить связаны хоть убей.. к примеру (тупо), на основной домне "сайт обо всем", на поддомне вынесен конкретно тематический подсайт (в зависимости от желания админа)
..ну а в целом надо смотреть в каждом случае отдельно