Вот на скорую руку, ручной режим 
Вставить в /pages/mainmenu.php:
например у картинок id=35, тогда:
echo '<a href="/download/index.php?cat=35">Картинки</a> ('.mysql_result(mysql_query("SELECT COUNT(*) FROM `download` WHERE `refid` = '35' AND `type` = 'file'"), 0).')<br/>';