mRWiNeT, Можно конечно в одном массив сделать, но по мне так удобнее будет сделать для каждого, хотя лишние поля в таблице users тоже не желательны.
Насчет запроса если честно то странновато он выглядит у тебя.
$allfile=mysql_result(mysql_query("SELECT COUNT(*) FROM `load_file` WHERE `ид_папаки_я_так_понял`='".$folder['id']."'"), 0); // так мы посчитаем все файлы
$newfile=mysql_result(mysql_query("SELECT COUNT(*) FROM `load_file` WHERE `ид_папаки_я_так_понял`='".$folder['id']."' AND `time`>'".(time()-3600*24)."'"), 0); // так мы посчитаем файлы добавленные за сутки